1966年04月15日，蕭縣站站房開(kāi)建；07月01日，蕭縣站站房建成并通車。1975年10月01日，蕭縣站轉(zhuǎn)隸上海鐵路局蚌埠分局管轄，為四等站。2004年04月18日，蕭縣站停辦客運(yùn)業(yè)務(wù)，僅辦理貨運(yùn)業(yè)務(wù)。2009年06月10日，暑運(yùn)期間蕭縣站臨時(shí)恢復(fù)了客運(yùn)業(yè)務(wù)的辦理，常州—北京K162次、上�！�長(zhǎng)春K516次、鎮(zhèn)江—北京1478次臨時(shí)增加蕭縣停靠點(diǎn)。2014年05月14日，自符夾線擴(kuò)能改造以來(lái)，蕭縣政府向宿州市政府上報(bào)了《關(guān)于幫助恢復(fù)符夾鐵路蕭縣客運(yùn)站的請(qǐng)示》；12月31日，上海鐵路總公司批復(fù)恢復(fù)蕭縣站客運(yùn)功能并納入到符夾線擴(kuò)能改造工程。2015年，蕭縣站開(kāi)始區(qū)域拆遷。2016年12月，蕭縣站完成全部拆遷任務(wù)。2018年6月26日，蕭縣站信號(hào)新聯(lián)鎖開(kāi)通。2019年9月，蕭縣站站內(nèi)配套設(shè)施安裝完畢，并通過(guò)國(guó)家驗(yàn)收；2019年11月18日，蕭縣站所有設(shè)施驗(yàn)收通過(guò)；2019年12月中旬，蕭縣站納入國(guó)家客貨運(yùn)體系；12月30日，蕭縣站正式通車恢復(fù)客運(yùn)。