1962年，烏魯木齊站（現(xiàn)烏魯木齊南站）建站。1963年1月15日，烏魯木齊站（現(xiàn)烏魯木齊南站）運營，從此祖國西北邊陲重鎮(zhèn)烏魯木齊通過現(xiàn)代化的鋼鐵大道，與首都北京連接在一起。1984年，烏魯木齊站（現(xiàn)烏魯木齊南站）擴建，此次建設，烏魯木齊站（現(xiàn)烏魯木齊南站）改革售票方式，解決售票難的問題，完善旅客進出站設施。在候車大廳二樓開設了應急窗，對有急事或特殊情況的旅客提供緊急車票。為了方便旅客，開設了5個無軌售票點，還辦起了流動售票車。2002年5月18日凌晨2時，烏魯木齊站站房以爆破方式拆除，另建新站房。2004年4月25日，烏魯木齊站新站房建成啟用。2014年9月1日，由郭沫若先生題寫的“烏魯木齊”四個書法字體，被更換成為電腦字體“烏魯木齊南”，同時，全國鐵路客運售票系統(tǒng)也同步更名“烏魯木齊南”。蘭新高速鐵路開通后，動車組列車從原來的烏魯木齊南站始發(fā)終到，調整到了烏魯木齊站始發(fā)終到。2018年9月1日起，新疆鐵路開始調整旅客列車運行圖，烏魯木齊、北疆地區(qū)開行的共28對進出疆直通旅客列車（含進出疆動車）不再經停烏魯木齊南站，旅客乘坐出疆旅客列車（含出疆動車），須前往烏魯木齊站。2018年11月，烏魯木齊南站三站臺正式開通交付業(yè)主單位投入使用。