2014年3月，牟平站樁基礎正式開建。7月，牟平站完成站房主體框架基礎工程。11月27日，牟平站完成了全部12個項目的測試工作 。11月28日，牟平站進入運行試驗階段。12月28日，牟平站開通運營。2020年1月，牟平站取消紙質車票，實施了電子客票應用。牟平站為線側下式站房車站，站房分為A、B、C三個區(qū)域，其中A區(qū)為售票大廳，B區(qū)為候車大廳，C區(qū)是辦公區(qū)及設備區(qū)域。B區(qū)是三個區(qū)域中面積最大的，A、C區(qū)為兩層。站房位于線路右側，車站設有旅客地道、車站地道扶梯、相關地道口放、落客平臺等，站房綜合樓包含旅客候車，售票，車站辦公，公安值班、信息、信號、通信用房及車站電力和配套功能用房；站臺風雨棚為單柱兩側懸挑式。