1994年，伴隨著宣杭鐵路正式開通運(yùn)營，車站正式投入使用，初稱湖州南站，為客貨混運(yùn)的三等站。2009年9月20日，湖州南站停辦客運(yùn)業(yè)，開始在原址拆除重建。2011年11月1日，湖州南站完成結(jié)構(gòu)封頂，標(biāo)志著站房主體完工。2012年6月30日，湖州南站正式更名為湖州站，原湖州站更名為湖州西站。2013年7月1日，伴隨著寧杭高速鐵路開通運(yùn)營，湖州站正式投入使用。2019年11月12日，湖州站啟動(dòng)電子客票應(yīng)用實(shí)施推廣工作。截至2018年9月，湖州站站房為兩層建筑。其中，出站口、進(jìn)站口、售票大廳、一層候車大廳、檢票口1分布在一層，二層候車大廳、檢票口2分布在二層，自2016年8月20日起，湖州站增設(shè)第三個(gè)進(jìn)站通道，位于高鐵平臺(tái)出站口一邊，主要針對(duì)途經(jīng)南京的旅客通行，開放時(shí)間為上午的高峰時(shí)段07:30到10:30。