2017年12月25日，灌南站設(shè)計(jì)方案、建筑面積通過審查。2018年12月5日，灌南站正式開工建設(shè)。2019年7月3日，連鎮(zhèn)鐵路全線首個(gè)送電的配電所——灌南10KV配電所一次送電成功，所有設(shè)備運(yùn)行狀態(tài)良好。2019年9月29日，灌南站的標(biāo)示正式掛牌。2019年11月20中午，連鎮(zhèn)鐵路灌南站迎來一輛滿圖運(yùn)行試驗(yàn)動(dòng)車和諧號(hào)。2019年12月15日前，完成站前廣場(chǎng)及客運(yùn)站房主體工程，并具備運(yùn)營(yíng)條件。2019年12月16日，正式通車運(yùn)營(yíng)，灌南自此進(jìn)入高鐵時(shí)代。灌南站設(shè)計(jì)規(guī)模為發(fā)線 4 條（含正線 2 條），有效長(zhǎng) 650m；（中心里程為 CK41+790）
為新建中間站，基本站臺(tái)和側(cè)式站臺(tái)各 1 座；進(jìn)出站地道 1 座；站同右設(shè)有綜合維修工區(qū) 1 處，內(nèi)設(shè)維修車組停放線、接觸網(wǎng)作業(yè)車停放線以及軌道車停放線各 1 條；車站兩端咽喉各設(shè)安全線 1 條。